如果纳税人未能提供完整、真实的限售股原值凭证的，不能准确计算限售股原值的，主管税务机关一律按限售股转让收入的15%核定限售股原值及合理税费。
所便函[2010]5号第九条规定，在证券机构技术和制度准备完成前，对已经形成的限售股，以股改复牌日收盘价或上市首日收盘价，作为计算限售股转让收入的依据。同时，按照股改复牌日收盘价或上市首日收盘价的15%统一确定限售股的原值和合理税费。登记结算公司以上述转让收入与原值和合理税费，计算出现有限售股的应纳税所得额，按照20%的税率计算应扣缴税款，待限售股股东转让时，将转让股数和应扣缴税款的信息发送给证券机构，由证券机构预扣预缴个人所得税额。
纳税人按照实际转让收入和实际成本计算的应纳税额，如果与证券机构扣缴的税额有差异的（实际转让收入、成本与收盘价、核定成本有差异），纳税人可以自证券机构解缴税款的次月1日起的3个月内，向其开户证券机构所在地主管税务机关申请税款清算。
需要强调的是，纳税人申请清算时，应按照收入与成本相匹配的原则计算应纳税所得额。即，限售股转让收入必须按照实际转让收入计算，限售股原值按照实际成本计算；如果纳税人未能提供完整、真实的限售股原值凭证，不能正确计算限售股原值的，主管税务机关一律按限售股实际转让收入的15%核定限售股原值及合理税费。
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