复合土工膜的渗入性可以用渗入系数或透水率来表示。前者的优点是便于和土体的渗入系数相比较。复合土工膜的渗入系数一般都是很小的，但其厚度也很小，其渗入率更能够充分地反映出来。对水库或渠道来说漏一点水影响不大，但对环境工程中的污染源的隔离来说，则对渗漏量要求要严格很多。
复合土工膜的渗入系数不是一个固定值而是随复合土工膜所承受的正压力而变化，总的趋势是随压力的增加而减少。工程应用上当复合土工膜承受大的压力（水头或覆盖层荷载）及其接触曾的土粒较粗时，复合土工膜很容易被刺破而丧失其防渗能力。
复合土工膜不宜与较粗的土粒相接触，必要时应当采用复合土工膜，用土工织物保护复合土工膜不被损坏。垫层颗粒愈细、级配愈好，聚乙烯膜抵抗水压力的破坏能力俞强。厚0.25mm的聚乙烯膜铺在级配较好的砂卵石垫层上，可承受200m的水头经久不破。厚0.65mm的聚乙烯膜铺在级配较低的砂卵石垫层上，可承受215m的水头经久不破。